מערכת הוואקום היא חלק חשוב מציוד המשחה וציוד לעיבוד מוצרים מהצמחים וכוללת בדרך כלל משאבות ואקום סיבוביים או משאבות יבשות ומשאבות שורשים לשואב מהיר. מערכת הוואקום מחוברת לקבל באמצעות קו נירוסטה, ושסתום פרפר פנאומטי ממוקם ליד הקבל כדי להפריד את הקבל ממערכת הוואקום. תפקידה של מערכת הוואקום הוא ליצור ואקום היוצר את הסביבה ואת התנאים לסובלימציה של הקרח. רמת הוואקום של מערכת הוואקום משפיעה ישירות על קצב הסובלימציה של המוצר. מערכת הוואקום דורשת כי ייצור משחות וציוד לעיבוד מוצר צמחי מרפא עצמו יהיו בעלי דליפה נמוכה. הדיוק של בקרת ואקום משפיע ישירות על הפעלת תהליך התרופות.
בתהליך של מחקר בסיסי או ניטור ריכוז קליני של תרופות, לעיתים קרובות יש מספר גדול של דגימות לבדיקה. בשיטות הכנת דגימות מסורתיות, סביר להניח כי המרכיבים האנדוגניים במדגם יפריעו לקביעת תרופת המטרה, ומעורבים צעדים נוספים. כאשר ייצור משחות וציוד לעיבוד מוצר צמחי מרפא הוא תרכובת ניתנת לחום, יש לבצע את התהליך בטמפרטורה נמוכה או בטמפרטורת החדר, מה בהכרח יגדיל את הזמן הנדרש לעיבוד מדגם.
ייצור משחות וציוד לעיבוד מוצר צמחי מרפא הוא היי-טק בתחום מוצרי התייבשות. כל תהליך הליופיליזציה של ייצור משחות וציוד לעיבוד מוצר צמחי מרפא מתבצע בתנאי טמפרטורה נמוכים ווואקום גבוה, כך שהוא יכול להימנע ביעילות מחמצון רגיש לחום וקל במהלך העיבוד. הרס ואובדן הרכיבים משמרים ומעשירים מאוד את חומרי המזון והחומרים השונים בחומרים המעובדים. זה משחזר בצורה מושלמת את הצבע המקורי, הניחוח, הטעם והצורה של ייצור המשחה וציוד עיבוד מוצר צמחים, ויש לו את המאפיינים של משקל קל, התייבשות מהירה, אכילה נוחה ותקופת אחסון ארוכה. הוא משמש כיום במזונות תעופה וחלל, ורפואה משמשת לשימור אנטיביוטיקה וחיסונים.